La fiscal Luzmila Lluglla lo acusó de ser autor directo del delito de delincuencia organizada en la audiencia preparatoria de juicio.La Fiscal expuso sus pruebas para demostrar que no solo Carrera sino Hernán Duque, expresidente de la Empresa Pública Coordinadora de Empresas Públicas (EMCO), Antonio Icaza, exgerente de la Corporación Nacional de Electricidad (CNEL) y a los empresarios,.Leonardo Cortazar, Nain Massuh, Karen Cornejo y Ericka Farías, eran autores directos del delito de delincuencia organizada.
La fiscal Los acusó en base a las evidencias de informes policiales de seguimiento y vigilancia, versiones, el contenido de grabaciones de conversaciones e interceptaciones telefónicas recogidas a lo largo de la investigación previa.Sustentó su investigación sobre 200 elementos de convicción tales como informes de seguimientos y vigilancias, informes periciales encontrados durante los allanamientos a los investigados; versiones, informes de materialización del contenido de las grabaciones de conversaciones e informes de intercepciones telefónicas y cotejamiento de voces. Ademas se incorporaron documentos obtenidos en la Unidad de Análisis Financiero de Ecuador, UAFE; informes de la Contraloría General del Estado, de las empresas públicas EMCO,FLOPEC, SRI, BanEcuador, SRI.
Los procesados habrían conformado una estructura delincuencial liderados por Danilo Carrera, y Rubén Cherrez, este último asesinado en su casa, al parecer, por orden de una organización criminal vinculada al narcotráfico y lavado de activos.
Según la Fiscalía esta estructura de forma coordinada y planificada buscaban direccionar contratos con el Estado, con la finalidad de obtener beneficios económicos.
El ex gerente de EMCO, Hernán Luque, habría presentado una terna direccionada para presidir el directorio de la Corporación Nacional de Electricidad CNEL EP, cuyos perfiles habrían sido analizado previamente. La dinámica delictiva habría abusado de la cercanía de los procesados al poder politico para colocar amigos y conocidos en empresas públicas, para lo que habrían contado con la participación de funcionarios públicos y personas particulares.
Además habrían direccionado contratos a determinados proveedores del sector eléctrico como Karen C. y Ericka F, beneciarias de contratos adjudicados. Ellas a su vez habrían entregado beneficios económicos a Leonardo Cortazar, quien los entregaría a los lideres de la Organización. En dicha estructura habría existido un acuerdo de voluntades para ejecutar ilícitos relacionados con cohecho, peculado y lavado de activos.